Jejak Risalah di Nusantara II memaparkan catatan jihad dan perjaungan umat Islam di Nusantara terhadap Portugis dan Sepanyol. Peristiwa ini mendapat jolokan Conquistadors dan Perang Salib di Nusantara. Ia bermula dengan penerokaan Barat ke atas dunia Islam yang membawa kepada penguasaan ke atas Lautan Hindi. Seterusnya Barat berhasil merintis jalan ke Melaka dan menguasainya. Buku ini diakhiri dengan plot-plot jihad di Kepulauan Sulu sejak Sepanyol menjejakkan kakinya di Filipina pada tahun 1265 sehingga awal kurun ke-20 menentang Amerika Syarikat.